研究院的发展目标是：在数学与系统科学领域内，面向国家战略需求。

覆盖了数学与系统科学的主要研究方向， 研究院是一个综合性的国立学术研究机构，做出原创性、突破性和关键性的重大理论成果与应用成果， 。

面向国际发展前沿，imToken，成为国际上有重要影响的研究中心、培养和造就高级研究人才的著名中心、国民经济和国防建设有关问题研究和咨询的重要中心，研究院新时期的办院方针是：在数学与系统科学领域，造就具有国际重要影响的学术带头人和一批杰出人才，imToken官网，。